Problèmes rencontrés
Une association écologique bretonne, « Bretagne Vivante », laisse sous-entendre qu'il n'y a aucun impact écologique majeur de la marémotrice sur l'écosystème de l'estuaire de la Rance. Un dossier émanant d'EDF quant à lui plus précis distingue deux périodes différentes : la période de la construction et celle de l'exploitation. Selon eux, l'usine a effectivement détruit l'écosystème lors de sa construction, notamment à cause de la fermeture totale de l'estuaire pendant trois ans. Cet événement a entraîné un changement de la salinité de l'eau, mais également, un arrêt total de la circulation des animaux et des végétaux. Cependant, si l'on en croit leurs expériences, depuis le début de leur exploitation il n'y a que très peu de répercutions négatives. En revanche il a fallu attendre une dizaine d'années avant de retrouver un certain équilibre écologique, puisque même si un écosystème est réapparu, les espèces désormais présentes sont différentes si on les compare avec celles qu'on trouvait avant la construction.
Tout estuaire est un fragile équilibre entre eau douce et eau salée, en barrer l'embouchure modifie forcement l'écosystème. Aujourd'hui l'estuaire n'est plus qu'un lac d'eau douce, la flore et la faune ont donc été nécessairement modifiées et restent sous surveillance perpétuelle. Les vannes et les turbines empêchent une grande quantité d'espèces marines de remonter dans l'estuaire où elles ont en grande partie disparu. Maquereaux, lançons et autres congres sont maintenant rares; il reste cependant des bars et des lieus.
Les poissons plats ont presque totalement disparus de l'estuaire de la Rance depuis la construction du barrage. On ne trouve désormais plus que des poissons "rapides" comme le bar, le lieu ou le mullet.
Sur les rivages du bord de la Rance, les pêcheurs sont catégoriques : ils n'ont pas retrouvé leur pêche d'antan.
L'estuaire de la Rance subit depuis la construction du barrage un fort envasement. La présence du bassin de retenue et les marées artificielles favorisent une forte décantation qui va parfois jusqu'à un phénomène de poldérisation. Les plages de part et d'autre du barrage le prouvent : à 300 mètres en amont, les plages sont recouvertes d'une accumulation de 70 centimètres de vase, alors qu'à 100 mètres en aval, les plages sont intégralement sableuses. Pour l'EDF ce problème se produit dans la plupart des estuaires et n'est donc pas lié à l'usine.
Si on ne peut empêcher le phénomène, il faut essayer d'y remédier. Depuis longtemps, les agriculteurs riverains ont l'habitude de venir chercher de la vase dans l'estuaire pour l'épandre comme amendement. Ce produit contient du calcium et également de l'argile. Mais, le sérieux envasement de la Rance a provoqué des polémiques